Генетическая история русских старожилов арктического побережья Якутии из с. Русское Устье по данным Y-хромосомы и шировогеномного анализа // Генетика. – 2023. – Т. 59. – № 9. – С. 1070–1077. (в соавторстве с Соловьевым А.В., БорисовымТ.В., Романовым Г.П. и др.).

Использование криогенных ресурсов в традиционной хозяйственной деятельности якутов // Человек и культура. – 2023. – № 3. – С. 40–49. (в оавторстве с Сулеймановым А.А.).

Результаты кранеологического изучения палеоантропологических материалов из пещеры у села Хатыстыр Республики Саха (Якутия) // Археология, этнография и антропология Евразии. – 2023. – Т. 51. – № 2. – С. 142–152. (в соавторстве с Моисеевым В.Г., Зубовой А.В., Боескоровым Г.Г. и др.).  

Сравнительный анализ линий Y-хромосомы древних и современных саха (якутов) // Генетика. – 2023. – Т. 59. – № 6. – С. 633–639. (в соавторстве с Федоровой С.А., Звенигорски В.).

Анализ линий Y-хромосомы русских старожилов арктического побережья Якутии из села Русское Устье // Якутский медицинский журнал. – 2022. – № 3 (79). – С. 74–77. (в соавторстве с Борисовой Т.В., Соловьевым А.В., Чердоновой А.М. и др.).

Погребение Огонёк на средней Лене – новый памятник белькачинской культуры // Вестник археологии, антропологии и этнографии. – 2022. – № 1 (56). – С. 73–87. (в соавторстве с Дьяконовым В.М., Соловьевой Е.Н., Николаевым Е.Н. и др.).

Хунно-сяньбийский пласт в культуре якутов // Вестник археологии, антропологии и этнографии. – 2022. – № 1 (56). – С. 115–121. (в соавторстве с Бравиной Р.И.).

Глава 3. Восточная Сибирь в эпоху неолита. 3.6. Якутия и Таймыр; Глава 6. Восточная Сиибирь в бронзовом веке. 6.7. Якутия в бронзовом веке. Усть‒мильская культура // История Сибири. В 4 т.  Т. 1: Каменный и бронзовый век / отв. ред. М.В. Шуньков. ‒ Новосибирск : Наука, 2022. Гл. 3, 3.6 С. 294‒303; Гл. 6, 6.7 С. 505–509.

Глава 1. Саха (якуты): особенности структуры генофонда и генетическая история; Глава 2. Исследования древней ДНК из якутских погребений эпохи средневековья // Популяционно-генетические исследования населения Республики Саха (Якутия) / под ред. С.А. Федоровой, Н.А. Барашкова. –
Новосибирск : Наука, 2022. – Гл. 1. С. 10–52; Гл. 2. С. 79–111. (в соавторстве с Бравининой  Р.И.).

Сероэпидемиологические исследования зоонозных инфекций в Якутии // Якутский медицинский журнал. – 2021. – № 3 (75). – С. 13–16. (в соавторстве с Маньяваль Ж.-Ф., Находкиным С.С., Барашковым Н.А. и др.).  

Археология, генетика и история: 15 лет исследований в Якутии (2002–2017) // Вестник археологии, антропологии и этнографии. – 2020. – № 4 (51). – С. 110–119. (на анг. яз.).  (в соавторстве c Крюбези Э., Мельничук О.).

История Якутии. В 3 т. Т. 1. / гл. ред. А.Н.  Алексеев; отв. ред. Р.И.  Бравина, Е.Н.  Романова. – Новосибирск : Наука, 2020. – 536  с.

The genetic legacy of legendary and historical Siberian chieftains // Communications Biology. – 2020. – Vol. 3. – No. 1. – P. 581. (co-authored with  V. Zvénigorosky,  S. Duchesne,  L. Romanova et al.).  

Frozen graves of Yakutia, a chronological sequencq // Vestnik Arheologii, Antropologii i Etnografii. – 2020. – No. 4 (51). – Pp. 120–130.  (co-authored with  S. Duchesne, R. Bravina et. al.)

Investigating Holocene human population history in North Asia using ancient mitogenomes // Scientific Reports. – 2018. – Vol. 8. – P. 8969. (co-authored with  Kilinç G.M., Kashuba N., Yaka R. et al.).

Determination of the source for prehistoric obsidian artifacts from the lower reaches of Kolyma River, Northeastern Siberia, Russia, and its wider implications // Quaternary International. – 2018. – Vol. 476. – Pp. 95–101. (co-authored with Kuzmin Ya.V., Dyakonov V.M., Grebennikov A.V. et al.).  

Генетическая история народов Республики Саха (Якутия): учебное пособие. – Якутск: Издательский дом СВФУ, 2017. – 92 с. (в соавторстве с Федоровой С.А.)

Новый подход к генетическому тестированию родства в якутской археологии // Якутский медицинский журнал. – 2017. – № 3 (59). – С. 16–20. (в соавторстве сВ. Звенигороски, С.А. Федоровой и др.).

Реконструкция SNP-гаплотипов с мутацией C.-23+1G>A гена GJB2 человека в некоторых популяциях Евразии // Генетика. – 2017. – Т. 53. – № 8. – С. 988–993. (в соавторстве с Соловьевым А.В., Барашковым Н.А. и др.).

The Relationship Between Archaeology, Genetics, Ethnology and History: Reflectionson a 2002–2015 Study in Yakutia (1632–1922) // Clashes of Time. The Contemporary Past as a Challenge for Archaeology. – Presses universitaires de Louvain, 2017. – Рр. 121–139. (co-authored with E. Crubézy, P. Gérard et al.).

«Сюжеты парных конских головок в культурах Якутии: древность и современность» // Археология, этнография и антропология Евразии. – 2016. – Т. 44. – № 2. – С. 91–101. (в соавторстве с Э. Крюбези).

A Serological Survey About Zoonoses in the Verkhoyansk Area, Northeastern Siberia (Sakha Republic, Russian Federation) // Vector-Borne and Zoonotic Diseases. – 2016. – Vol. 16. – No. 2. – Pp. 103–109. (co-authored with  J.-F. Magnaval, I. Leparc-Goffart et al.).

Spectrum and Frequency of the GJB2 Gene Pathogenic Variants in a Large Cohort of Patients with Hearing Impairment Living in a Subarctic Region of Russia (the Sakha Republic) // PLoS ONE. – 2016. – Vol.11. –No. 5. – e0156300. (co-authored with Barashkov N.A., Pshennikova V.G., Posukh O.L. et al.).

The genetics of kinship in remote human groups //Forensic science international Genetics. – 2016. – Vol. 25. – Pp. 52–62. (co-authored with  Zvénigorosky V., Hollard C., Gonzalez A. et al.).

Анализ спектра и частоты GJB2-мутаций у пациентов с врожденными нарушениями слуха в Республике Саха (Якутия) // Медицинская генетика. – 2015. – № 6 (156). – С.10–23. (в соавторстве с Пшенниковой В.Г., Барашковым Н.А., Терютиным Ф.М. и др.).  

Вариабельность порогов слуха у глухих пациентов, гомозиготных по мутации c.–23+1G>A гена GJB2 (коннексин 26) // Якутский медицинский журнал. – 2015. – № 2 (50). – С. 100–102. (в соавторстве с. Терютиным Ф. М, Барашковым Н. А.).

Гетерозиготное носительство мутации сайта сплайсинга IVS1+1GA гена GJB2 (CX26) – фактор риска возрастных изменений слуха (пресбиакузис) в популяци якутов / // Медицинская генетика. – 2015. – Т. 14. – № 4. – С. 26. (в соавторстве с Терютиным Ф. М. и др.).

История населения Якутии // Генетическая история народов Якутии и наследственно обусловленные болезни. – Новосибирск : Наука, 2015. – С. 11–32. (в соавторстве с А.Л. Степанов, С.А. Федорова и др.).

О происхождении якутских чоронов // Северо-­Восточный гуманитарный вестник. – 2015. – № 1 (10). – С. 55–61.

Реконструкция предкового гаплотипа с мутацией сайта сплайсинга с.-23+1GA гена GJB2 в некоторых популяциях Евразии / // Медицинская генетика. – 2015. – Т. 14. – № 4 (154). – С. 16. (в соавторстве с Соловьевым А. В., Барашковым Н.А. и др.).

The ancient Yakuts: a population genetic enigma // Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B: Biological Sciences. – 2015. – Т. 370. – №. 1660. (co-authored with  C. Keyser, C. Hollard et al.).

Анализ анкетирования родителей детей-инвалидов по слуху в Якутии, Тыве и Башкортостане: мнение слышащих родителей о причинах потери слуха у ребенка с последующим сравнением с результатами ДНК-тестирования гена GJB2 (Сх26) //Медицинская генетика. – 2014. – Т. 13. – № 1. – С. 8–17. (в соавторстве с Барашковым Н.А., Джемилевой Л.У., Посух О.Л. и др.).

Этнотерриториальные группы якутов: особенности генетической структуры / А.Н. Алексеев [и др.] // Якутский медицинский журнал. – 2014. – № 2 (46). – С. 28–31. (в соавторстве с Федорова С.А., Барашков Н.А. и др.).

Age-Related Hearing Impairment (ARHI) associated with GJB2 single mutation IVS1+1G>A in the Yakut population isolate in Eastern Siberia /] // PLoS ONE. – 2014. – Vol. 9. – No.6. – e100848. (co-authored with N.A Barachkov, F.M. Teryutin et al.)

Shotgun microbial profiling of fossil remains // Molecular Ecology. – 2014. – Vol. 23. – No. 7. – Pр. 1780 –1798. (co-authored with C. Sarkissian, L. Ermini et al.).

Tuberculosis Epidemiology and Selection in an Autochthonous Siberian Population from the 16th–19th Century  // Plos One. – 2014. – Vol. 9 – Is. 20. – e89877. (co-authored with H. Dabernat, D. Nikolaeva  et al.).

Гетерозиготное носительство мутации сайта сплайсинга IVS1+1GA в гене GJB2 (Cx26) – фактор риска возрастных изменений слуха (пресбиакузис) в популяции якутов / А.Н. Алексеев [и др.] // Медицинская генетика. – 2013. – № 6. – С. 24–32. (в соавторстве с Терютиным Ф. М., Барашковым Н.А. и др.).

Ранние кочевники в Якутии / А.Н. Алексеев // Вестник Северо-Восточного федерального университета им. М.К. Аммосова. – 2013. – Т. 10. – №. 5. – С. 62–69.

Святилище Джампа – новый памятник древних обитателей Ленской тайги // Фундаментальные проблемы археологии, антропологии и этнографии Евразии: к 70-летию академика А.П. Деревянко. – Новосибирск :Изд-во ИАЭТ СО РАН, 2013. – С. 460–468. (в соавторстве с Дьяконовым В.М.).

Экстремально высокая частота гетерозиготных носителей аутосомно- рецессивной глухоты 1А типа в Восточной Сибири сопоставима с частотой гетерозиготного носительства серповидно-клеточной анемии в Африке // Якутский медицинский журнал. -2013.  – № 4 (44). – С. 27–­30. (в соавторстве с Барашковым Н.А., Соловьевым А.В., Терютиным и др.).  

Аутосомно-рецессивная глухота 1А типа: идентификация «эндемического очага» накопления мутации сайта сплайсинга IVS1 + 1G>A гена GJB2 на территории Восточной Сибири // Якутский медицинский журнал. – 2012. – № 4 – С.101–­104. (в соавторстве с Барашковым Н.А., Джемилевой Л.У., Посух О.Л. и др.).

Мир древних якутов: опыт междисциплинарных исследований (по материалам саха-французской археологической экспедиции) / под ред. Э. Крюбези, А.Алексеева. – Якутск: Издательский дом СВФУ, 2012.  – 226с.

Variola virus in a 300-year-old Siberian Mummy // New England Journal of Medicine. – 2012. – Vol. 367. – No. 21. – Pp. 2057–2059. (co-authored with P. Biagini, P. De Micco et al.).

Molecular identification of bacteria by total sequence screening: Determining the cause of death in ancient human subjects // PLoS ONE. – 2011. – Vol. 6. – No. 7. – e21733. (co-authored with C. Thèves, A. Senescau, A.N. et al.)

Seroepidemiology of nine zoonoses in Viljujsk, Republic of Sakha (Northeastern Siberia,

Russian Federation) // Vector-Borne and Zoonotic Diseases. – 2011. – Vol. 11. – No. 2. – Pp. 157–160/ (co-authored with J.-F. Magnaval, H.Tolou et al.).

Human evolution in Siberia: from frozen bodies to ancient DNA // BMC Evolutionary Biology. – 2010. – Vol. 10. – No. 1. – P. 25. (co-authored with E. Crubezy, S. Amory et al).

Radiocarbon Chronology of Neolithic and Bronze Age cultures in Yakutia = Радиоуглеродная хронология культур неолита и бронзового века Якутии // Археология, этнография и антропология Евразии. – 2009. – No. 3 (39). – Рр. 26–40. (в соавторстве с Дьяконовым В.М.).

О двух костяных находках в Алазейском остроге. XVII- XVIII вв. // Русские первопроходцы на Дальнем Востоке в XVII-XIX bb.: Историко­-археологические исследования. – Владивосток: Дальнаука, 2007. – С. 209–­215.

Chamane. Kyys, jeune fille des glaces: мonograph. – Paris, 2007. – 168 р. (co-authored with Eric Crubezy и др.

Древние святилища Тойон-Арынского историко­культурного района на Средней Лене // Древности Якутии: Искусство и материальная культура. – Новосибирск: Наука, 2006. – С. 56–­102. (в соавторстве с Кочмаром H.H.).

Новые подходы к познанию духовной культуры таежных племен древней Якутии: пиктографические «тексты» на Ленских писаницах бронзового века (Ленские писаницы на поселениях Баасынай-2 и Алдакай-1 в Якутии эпохи бронзового века) // Древности Якутии: Искусство и материальная культура. – Новосибирск : Наука, 2006. – С. 12–56. (в соавторстве с Пеньковым А.В.).

Погребение ымыяхтахского воина в местности Кердюген // Археология, этнография и антропология Евразии. – Новосибирск: Изд-во ИАЭ СО РАН, 2006. – Т. 26. – С. 45–52. (в соавторстве со Степановым А.Д., Жирковым Э.К., Шарабориным А.К. и др.).

Early influence of the Steppe tribes in the peopling of Siberia // Human Biology. – 2006. – Vol. 78. – Is. 5. – Pр. 531–549. (co-authored with Amory S., Crubezy E. et al.).

Molecular genetic analysis of 400-year-old human remains found in two Yakut burials sites // American journal of Physical Anthropology. – 2006. – Vol. 129. – Nо. 1. – Pр. 55–63. (co-authored with Ricaut F.X., Kolodesnikov S.).

Genetic analysis of human remains found in two eighteenth century Yakut graves at At- Dabaan // International journal of Legal Medicine. – 2004. –V.118. – Nо. 1. – Pр. 24–31. (co-authored with Ricaut FX, Kolodesnikov S, Keyser-Tracgui С, Crubezy E.)

Антропоморфные графемы на писаницах бронзового века Якутии и параллели с древнекитайскими пиктограммами и иероглифами // Археология и социокультурная антропология Дальнего Востока и сопредельных территорий. – Благовещенск: Изд-во БГПУ, 2003. – С. 135­–141. (в соавторстве с Кочмаром Н.Н., Пеньковым А.В.).

Мнемозина - мать Клио, Урании, Полигимнии (тезисы о палеоинформатике) // Древние культуры Северо­Восточной Азии. Археология. Палеоинформатика. Часть II. – Новосибирск: Изд-во Наука, 2003.  – С.126-134. (в соавторстве с Кочмаром Н.Н., Пеньковым А.В.).

Писаница Тойон-Ары (р.Лена): новые полевые материалы, новые семантические оценки широко известной композиции // История и культура Востока Азии. Т.2. – Новосибирск: Изд-во «ИАиЭ», 2002. – С.6–15. (в соавторстве с Кочмаром Н.Н., Пеньковым А.В.).

Проблемы сохранения и спасения памятников археологии в зонах деятельности золото­алмазодобывающей промышленности Якутии // Научное обеспечение развития горнопромышленных комплексов РС (Я): коллективная монография. – Новосибирск: Изд-во Наука, 2002. – С.243-283. (в соавторстве с Кочмаром Н.Н., Аргуновым В.Г.).

Основные этапы проникновения тюркских этнических групп на Среднюю Лену // Археология Северо-Восточной Азии. Астроархеология. Палеометрология. – Новосибирск, 1999. – С. 157–164.

Древняя Якутия: железный век и эпоха средневековья. – Новосибирск, 1996. – 95 с.

Древняя Якутия: неолит и эпоха бронзы. – Новосибирск, 1996. – 144 с.

Материальная культура русских землепроходцев и мореходов XVII-XVIII вв. в Якутии. – Новосибирск, 1996. – 152 с.

Первые русские поселения XVII-XVIII вв. на Северо-востоке Якутии. – Новосибирск, 1996. – 151 с.

Локальные варианты и этническая идентификация Ымыяхтахской археологической культуры // Ученые записки Якутского госуниверситета. Серия: Гуманитарные науки. – Якутск, 1994. – С. 18–35.

Происхождение якутского народа (по новым археологическим материалам) // Ученые записки Якутского университета. Серия: Гуманитарные науки. – Якутск, 1994. – С. 131-154.

Археологическое изучение первых русских поселений на Северо-Востоке Якутии (постановка проблемы) // Археологические исследования в Якутии. – Новосибирск, 1992. – С. 174–178.

Археология Якутии (эпоха палеометаллов и средневековья): учебное пособие для студентов. – Якутск, 1991. – 110 с. (в соавторстве с Гоголевым А.И. и Зыковым И.Е.).

Археология Якутии (каменный век): учебное пособие для студентов. – Якутск, 1990. – 104 с. (в соавторстве с Черосовым Н.М.)

Новые археологические памятники бассейна Олекмы Археология Якутии. – Якутск, 1988. – С. 71–78.

Каменный век Олекмы / науч. ред. д.и.н. Г.П. Башарин; рец.: Ю.А. Мочанов, И.Е. Зыков. – Иркутск: Изд-во Иркут. ун-та, 1987. – 124 с.

Палеолит Нижней Олекмы / А.Н. Алексеев // Новое в археологии Якутии : Труды Приленской археологической экспедиции). – Якутск : Изд-во ЯФ СО АН СССР, 1980. – С. 28–34.

Джикимдинское погребение (памятник белькачинской неолитической культуры на Олекме) / А.Н. Алексеев // Якутия и ее соседи в древности. – Якутск : Изд-во ЯФ СО АН СССР, 1975. – С. 95–99.